Trường THCS Phương Liễu tiền thân là Trường PTCS Phương Liễu được thành lập tháng 08 năm 1992 xây dựng trên địa bàn thôn Giang Liễu xã Phương Liễu, Huyện Quế Võ, Tỉnh Bắc Ninh.

Trước thực trạng trường PTCS xã Phương Liễu có số lớp tương đối lớn, với số học sinh nhiều, địa bàn các phân trường phân tán không tập trung, công tác quản lý các hoạt động dạy và học gặp nhiều khó khăn, đến năm học 1991-1992, Đảng ủy, Hội đồng nhân dân, UBND huyện, đã quyết định sát nhập các điểm trường nhỏ tại các thôn và tách trường PTCS xã Phương Liễu thành trường Tiểu học Phương Liễu và trường THCS Phương Liễu để từng bước nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện và xây dựng Trường Tiểu học Phương Liễu và trường THCS Phương Liễu đạt chuẩn Quốc gia.

Trường THCS Phương Liễu được tách ra từ trường PTCS xã Phương Liễu và thành lập theo Quyết định số 14/QĐ-UBND ngày 15 tháng 08 năm 1992 của UBND Huyện Quế Võ.

Trường thuộc địa điểm thôn Giang Liễu, xã Phương Liễu, Huyện Quế Võ, Tỉnh Bắc Ninh với tổng diện tích 7720 m², cơ sở vật chất được xây dựng mới, tương đối khang trang, đáp ứng được yêu cầu cơ bản của đổi mới giáo dục.

Được sự chỉ đạo của Sở GD & ĐT tỉnh Bắc Ninh, Phòng GD & ĐT huyện Quế Võ, của chính quyền các cấp cùng với sự cố gắng phấn đấu của đội ngũ cán bộ, giáo viên, cha mẹ học sinh và học sinh, trường THCS Phương Liễu đã đủ tiêu chuẩn và được UBND Tỉnh Bắc Ninh công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia vào tháng 10 năm 2006 và được công nhận lại vào tháng 7 năm 2012.

Trong những năm qua, Trường THCS Phương Liễu cũng đã từng bước khẳng định được vị trí, thương hiệu của trường so với các trường trong huyện như Giáo viên giỏi cấp Huyện, cấp Tỉnh, chất lượng mũi nhọn học sinh giỏi, chất lượng đại trà, tỷ lệ tốt nghiệp và chất lượng đầu ra thi vào THPT luôn đứng ở tốp đầu trong Huyện. Nhà trường đã xây dựng được đội ngũ giáo viên tương đối đồng đều về chuyên môn, nghiệp vụ. Hàng năm, trường đều có giáo viên tham gia Hội thi giáo viên giỏi cấp Tỉnh, cấp Huyện đạt thành tích cao. Đã có cán bộ, giáo viên được công nhận danh hiệu chiến sĩ thi đua cấp cơ sở, cấp Tỉnh; Nhiều năm liền được công nhận là tập thể lao động xuất sắc.

Năm học 2012-2013, nhà trường có tổng số 35 cán bộ giáo viên, 100% đạt chuẩn, 75% cán bộ, giáo viên có trình độ trên chuẩn. Trong đó 27 giáo viên trực tiếp giảng dạy đều đạt chuẩn và trên chuẩn. Số học sinh là 496 em chia thành 15 lớp. Trường có tổ chức Chi bộ Đảng gồm 14 Đảng viên, liên tục đạt “Cơ sở Đảng trong sạch vững mạnh”, giữ vai trò hạt nhân lãnh đạo trong toàn bộ hoạt động của nhà trường. Các tổ chức: Công đoàn, Đoàn thanh niên, Đội thiếu niên, Hội cha mẹ hoc sinh đều hoạt động tích cực, góp phần cùng nhà trường hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ. Về cơ sở vật chất nhà trường có đủ số phòng học thông thường, phòng học chức năng, phòng đồ dùng, nhà đa năng, các phòng hoạt động cho Giáo viên …đảm bảo cho hoạt động dạy và học theo quy định của Bộ GD&ĐT.